由EnterBrain制作推出的《RPG工具DS》在推出后遭受到大量玩家的指责，《RPG工具DS》在推出后发现了不少影响运行的恶性BUG。EnterBrain在该方面的问题公布了官方谢罪道歉文，并指出了部分BUG的回避方法。（以下为节选）

Q：还未创建任何地图的情况下，当按下方向键的右键后，再按下A键的同时，画面就会停止。

A：由于剧情所需地图没有存在，因此请至少创建一个以上的地图保证运行。

Q：剧情创建的时候，在同一个页面内拥有多个剧情命令存在的情况下，使用复制粘贴功能所创建的剧情命令会有奇怪的现象产生。

A：一页面内最大的事件命令数量为50个，当粘贴行为导致命令行数超过50个，会令复制的命令无法正常实行。

Q：没有《RPG工具DS》的人在使用下载游戏功能的时候，会出现无法开始游戏的情况出现。

A：在部分指定条件下，如果仅在没有软件的情况下使用该功能会出现这类问题（详细条件描述略）

Q：在游戏中，战斗画面内，使用攻击、特技、道具任何一个指令后，选择对象的时候按下AB键就会产生画面停止的现象。

A：队伍最后的成员行动的时候，会出现AB同时输入的时候导致假死现象，在通常情况下尽量避免同时输入AB指令，平时操作也没有指令需要是输入AB指令的。

但具体情况下还存在着很多不严谨的BUG存在，EnterBrain目前没有升级改进更换软件的计划，令很我的游戏家不满。