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　　引子

　　西历20XX年, 肯尼亚Turkana湖旁的露营地边,在Masuda博士的带领下,一场挖掘工作正在进行中,这时候,沿着湖岸走廊发现了一个和研究图纸上描述的一模一样的遗迹. Masusa博士拿出一块卡片状物体，放在了遗迹上的沟槽处，大小竟然完全吻合。突然，一座巨大的银色建筑从水中冒了出来。强烈的地震中,Zohar出现了，一束强光冲向天际……

　　4000年后……地球人放弃了地球，开始在宇宙中生活，成立了星团连邦，故事，也就开始了……

　　第一话 演习

　　护航舰Voglinde在广袤无垠的太空中运行着。舰内，无数的工作人员不停地忙碌着，为的是进行人形机器人KOS-MOS的启动实验。而开发主任Shion Uzuki（卯月 紫苑）正通过记忆虚拟装置和KOS-MOS进行交流。
　　在进行了一系列的调整后，KOS-MOS终于出现在虚拟空间中
　　Shion友好地和KOS-MOS打招呼，作为用于战斗的人型战斗兵器，KOS-MOS的命运确实是充满着矛盾，一方面，作为制造者，Shion自然希望自己和同伴发明的KOS-MOS能发挥功能，而KOS-MOS在这次实验中的成功启动，足够鼓舞人心；同时，当KOS-MOS运行的那一天到来的话，又将会是一场腥风血雨，不知将会有多少人会死于KOS-MOS的威力之下。

　　名词解释
　　KOS-MOS：用于对抗Gnosis的人型战斗兵器,编号000000001. 开发代号KP-X. 缩写名称KOS-MOS。全身由机械构成。虽然有“模拟人格OS”，但依然很难与人类勾通。无条件地保护自己的开发者，也就是Shion
　　Zohar：希伯来语，意思为事象变换机关
　　星团联邦：Galaxy Federation 由50万个行星所组成的联盟。主星为“第五耶路撒冷”
　　Voglinde：专门用于和Gnosis战斗而制造的战舰。名字来源为北欧神话中的少女战神

　　目前的Shion和 KOS-MOS所在的空间,是西历2000前左右时期的某个废墟,经过网络重建,然后用来给KOS-MOS进行联系.这次给KOS-MOS的任务就是在这个废墟中找到目标并且和其进行战斗.

　　现在开始可以选择进入教学模式和直接开始冒险。直接开始冒险的话，在出发地的旁边的金色石板处可以补血。按A既可。本作中，可以自由跑动没剧情的地方可以存档，按B选择最后一个选项。这一关卡首先前进到底，发现有石块挡路，这时候改向左边，会遇到红衣男子Realian 1号（合成人）。Shion要求直接跳过等级为300的实验,直接进行400号实验.在外边镇守的保守的副主任Allen自然不答应。最后，在Shion的哀求下，Allen只好答应，不过，不能有越轨行为。此时，敌人已经全部转换为Gnosis形态了。

　　先回一次最早的金色石板处。再和KOS-MOS一起到了刚刚有石块党路的地方，按Y摧毁挡路的石块，进入，发现了敌人。KOS-MOS发动Hilbert效应，然后，攻击敌人。战胜后，发现敌人没有消失，透明的身体开始一点一点的物质化。Shion发现敌人的体内有一个金发女孩，正和她相望。虚拟空间出现了错误，随时有瓦解的可能。Allen一把捉住Shion，并且将她拉回了现实之中。由于担心Allen不禁地斥责了Shion。这时候，广播响起，舰艇将要脱离超空间，请所有的成员各就各位。

　　Shion只觉得十分疲劳，于是准备回自己的房间休息。沿着直线走，进入一个房间。和她的哥哥对话，哥哥希望Shion能够在父母的忌日的时候回去探望，但是Shion却有着自己的心事无法离开。结束后，Shion就进入了梦乡。

　　第二话 袭击

　　在浩瀚的太空中，Zohar正在漂浮着。一组工作人员正在回收Zohar。其中有一个工作人员上前去接触Zohar，想不到，却消失了……最后，特制的回收器套住了Zohar，回收成功。

　　另一方面,战舰内部,所有的工作人员忙碌着,整备跳离现在所处的超空间区域,回家.舰长Moriyama进行着总体指挥. 副舰长Cherenkov向Moriyama报告着情况。谈论起了刚刚在太空中回收的神秘物体，也就是Zohar。本来，舰艇这次行动的目的是听从了星团联盟的指挥，去调查星球消失事件，协助研究人员。但是，却中途去回收这个神秘物体。并且，隐约地从研究人员身上感到，Gnosis攻击的目标，似乎就是这个神秘物体。
　　同时，也提到了2年前实际实验KOS-MOS时发生的意外事件。可能是由于资料等方面的不完善，KOS-MOS暴走，杀了一个与实验无关的人员，而那个人，就是Shion的恋人。而那次事件，就发生在Shion的面前。

　　另一方面，Shion醒了过来，打算出房间到处看看。第一开发部内Allen接到上头军队的通知，要Shion去报告KOS-MOS相关的实验数据，而Shion竟然把测试的数据，手机等物品全以往在椅子上。Allen不得不动过去。在路上，Allen遇到了Shion，报告了相关情况，并且很担忧地问Shion，军队想要的是关于KOS-MOS的实战的资料，而Shion给的却是一些在虚拟空间内进行的假资料，军队是不会满意的。Shion说出心理话，其实根本不想让KOS-MOS沾染到战斗，就赶去总部。
　　而这时候，舰长Moriyama和司令通话中被通知，自己的舰队将要被Gnosis攻击……

　　报告完相关数据，不出所料，舰长果真不满意Shion的资料。Shion离开了总部，一出门，就看了一个透明的女孩的身影。这女孩，不就是在KOS-MOS和Gnosis模拟战中所看到的那个？于是就跟了上去，一路来到了Zohar前。一旁，少佐Vanderkam正在体罚一些士兵。原来他们就是派去回收Zohar的士兵，因为有同伴因此消失，死亡。少佐对他们进行了处罚。Shion不认同这些处罚，不由地，想起了Kevin，以及2年前，和Kevin最后的谈话……

　　就在这时候，Shion好象是受到了Zohar的感召，走到了Zohar的面前。恍惚中，透过了Zohar见到了刚刚的小女孩。Shion不由地走了上去，眼看，就要接触到Zohar了，一句大声的“危险！”打断了Shion的思路，幻觉消失了。
　　少佐Vanderkam大声地呵斥Shion：“你这个白痴！你想让我的人也和你一样白痴吗？已经有3个人因为这鬼东西消失了！”说完，继续殴打自己的手下。

　　Shion接到了Realian(合成人)维护部门的请求，去帮忙维护Realian。来到了Realian维护机关，遇到了Caspase中尉。Caspase中尉十分感谢Shion的帮忙。Shion过去为刚刚在虚拟世界中帮助过自己的Realian 1号维护。然后Shion来到一台兰色的百式Realian面前。其实，这台Realian的真名应该叫MOMO，不过，现在玩家可以自由给他起名字。和MOMO对话后，发现了MOMO的脸上戴着忧愁，这是为什么呢？Shion亲切地和MOMO谈话，也让一直因为Realian身份而被嘲笑的MOMO十分感动。

　　这时，有人走了进来，正是Virgil中尉。Virgil中尉不停地说着：“好臭，好臭！”嫌弃着Realian。Shion驳斥了Virgil对于Realian轻蔑态度。想不到，Virgil中尉反而回过头来讽刺Shion，作为一个第一开发部成员，Shion其实才是把Realian当做商品看待的吧！Shion十分担忧地回到百式RealianMOMO的旁边。MOMO悲哀地低下了头，不肯面对Shion。这时候，却响了三级警报。原来,在Shion输入终极密码之前, 本应该沉睡的KOS-MOS却自己开始运行了……

　　难道，两年前的悲剧，还会再次上演？
　　难道，这又是一次安全系统的失败
　　难道，kevin那样冰冷的尸体还会倒在Shion面前
　　难道……