游戏中存在着一种被称为“系统区域”的场所，玩家通过隐藏入口进入这些区域，消灭里面的“臭虫敌人（BUG）”就可以让这里恢复正常了。不过这些区域即使在玩家完成了关卡，也可以再继续挑战，而且每次进入都会令关卡的构造有所改变，不断地有新鲜感。

　　《王国之心：编码重制版》拥有着非常独特的“电子成长系统”，这个成长系统就如同组合一台电脑主机一样，玩家通过配置“能力板”上的零件，令电力获得流通，达到能力扩展的各个部件，就可以达到强化的目的。而且在电子成长系统内，玩家还可以通过“难易度作弊器”来改变游戏的难度，不过这个“作弊器”是“官方”的。