《超级机器人大战L》采用在《超级机器人大战K》的双人小队编制单位系统，两台机器人可以组成一个单位小队展开复合的对战形式。在战斗中，小队的领队和辅助机体可以互相对换，而战斗也将可以采取单独各自攻击和集中攻击等形式。