本作的剧情分为主线剧情和分支剧情，主线剧情当然是连续神秘杀人事件的调查，分支就是各种养成要素，包括能力的提升，COMMU的培养，接受各种各样的委托，这里先给出主线剧情的流程

首先说明下，主线剧情是有时间限制的，如果在这段时间内玩家没完成主线任务（救人），游戏就会GAMEOVER。没主线剧情时玩家可以自由安排活动，培养人物。

主线剧情的开始：连续雨天结束后的那天
每到出现连续大雨天时，剧情会让主角去看电视，电视中出现的影象，就是将要被杀害的人。从这开始，需要去各个地方调查以确认本次的目标人物。
主线剧情的结束：同样是连续雨天结束后的那天
如果在这天到来之前玩家没有找到目标人物或者没能保护好目标，游戏便会GAMEOVER

4月
13日 剧情会让玩家看电视，主角预感到会发生杀人事件
15日 剧情后自动进入異様な商店街，来到迷宫最高层，与阳介の影进入BOSS战
17日 剧情后自动进入雪子姫の城，在2楼与千枝の影进入BOSS战
29日前 白天在教室与千枝对话选择拯救雪子，再次进入雪子姫の城，最高层进入BOSS战
5月15日——6月4日
15日 看电视
18日 开始收集完二的情报
与巽屋前的染物屋前的大婶对话
再前往ジュネス与角落的女子对话
第二天就能找到跟完二有关系的少年。
19日 前往ジュネス找到小柄的少年
之后就能进入熱気立つ大浴場
6月24日——7月9日
6月23日 看电视
6月24日 开始搜集りせ的情报
先与实习楼2F廊下与胖学生对话
再前往商店街南的丸久豆腐店，进去与久慈川的祖母对话
接着在火、木、土、日中的任意一天前往河川敷土手与マスコミカメラマン对话，依次选择「申し出を受ける->悩み～->再び会話->別人～」
进入电视与クマ对话即可进入特出し劇場丸久座 7月26日——8月12日
26日 看电视
27日 开始收集久保美津雄的情報
在河原边和完二对话
在月、水、金、日的时间，去商店街南BUS站牌旁与辽太郎对话
火、木、土白天，与ジュネス电梯旁的足立透对话
再去商店街北调查惣菜大学
月、水、金白天，与商店街南豆腐店门前的金发学生对话
之后便可进入ボイドクエスト
9月16日——10月5日
15日 看电视
16日 开始搜集白钟直斗的情报
与1-1前的女学生对話
与实习楼一楼的女孩对话
在月、水、金、日任意一天与商店街北侧的警察对话
在河边与千枝对话
再次在月、水、金、日任意一天与商店街北侧的警察对话
与神社前的妇女对话
在火、土、木任意一天与商店街南侧的警察对话
在商店街南书店门口与直斗のまとめ的话，选择「異常な執着心を持っていた」「子供扱いをしていた」
之后便可进入秘密結社改造ラボ


11月6日——11月20日
4日 看电视
5日 堂岛菜菜子绑架事件
6日 可以进入天上乐土

12月3日 第一个分歧点
剧情后按照
何をしている
↓
ちょっと待て
↓
まだ分からない事がある
↓
生田目の本心
↓
何かがひっかかる
↓
自分达は何かを误解している
↓
落ち着け！
↓
今は考えよう
↓
最后出现事态は大きく动き、特別搜查队は真实に一步近づいた。。。
的选项进入TRUE END

12月5日 第2个分歧点
选择[足力透]

12月8日——12月24日
8日 可以进入禍津稲羽市抓真凶

之后就能进入TRUE END和隐藏迷宫了