序章 祗園之龙
剧情
游戏一开始，为大家说明了游戏背景，也就是日本历史上著名的关原之战（德川家康夺得丰臣家政权的重要一战）之后的数年。
祗園，一个拥有金钱就无所不能的地方，这里没有道德与正义，有的，只是赤裸裸的欲望。
祗園大门前，一群孩子被强逼着领进了这个外表浮华，内里却充满罪恶的世界。
这时，祗園的当家花旦吉野（看板娘）的出现使这群孩子在憧憬中忘掉了恐惧，是幸运，还是悲哀，只有命运知道。
一个不修边幅的男人懒洋洋的躺在一间叫做“龙屋”的店里，名为——桐生一马之介（宫本武藏）。（总体感觉变化不大，但是脸颊变消瘦了，有些像阿部宽……详见我另发的帖子。）
桐生显然并不稀罕什么当家花旦，一个不友善的眼神就吓跑了美女。
接下来，桐生的好友——伊东来访，他来拜托桐生一些琐事。

流程
接下来游戏就要正式开始，在这里要说明一下，桐生的职业——挂回，说白了就是打手，你的任务主要就是做一些收保护费，扁人之类的。（时代不同了，但本性还是难移啊。）
伊东告诉桐生，他所在的鹤屋因为太忙，所以需要桐生来帮忙，这里可以选择两个任务，第一个是“讨债”，第二个是“找回艺妓”，因为笔者认为第二个比较独特，所以就不犹豫的选了第二个……结果发现选什么都是一样的，最后都会变成“收保护费”任务……
接下来会进行“地图使用”的教学，非常基础，没什么特别需要说明的。走到房间里面的门前可以存档以及阅览现在的游戏状态。 现在的任务是分别到万屋、药屋和质屋收账，这三个地方都有在地图上标出来，不难找。
一出门会出现一个“好心人”强行向你介绍游戏背景，这些都是对于游戏专属名词的一些解释，先随便选一个，然后再选最后一个“没什么好问的了”就行了。
开始收债，第一站是万屋，万物老板比较乖，见了桐生就把钱给了。
下一个是药屋，药物老板支吾了半天，让桐生到“红叶屋”找他们的小工要钱，来到红叶屋，却被告知小工刚拿了钱走，去了“水天稻荷（寺庙）”。"
来到目的地，发现小工正被两个流氓抢劫，没什么好说的，打！"
游戏的第一场战斗，例行公事战斗指南，基本中的基本，不提。
打扁两个小流氓后，顺利拿到了药屋的保护费
最后是质屋，来到这里后老板正要付钱，却发现钥匙不见了，回忆他去过的地方后，钥匙可能是丢在“酒店”或者“祗園稻荷（寺庙）”了。
钥匙在寺庙左边的狗雕像前面的地上，接下来来到储物柜就可以拿到保护费。（我们又见到了熟悉的储物柜，大家又有的找了）
保护费收齐，回龙屋的路上，刚才的小流氓又来找事，灭之。（这里是战斗指南2，教你防御，闪避，锁定）

剧情
桐生回到龙屋，正要休息，忽然一个胖子跑来说有人找桐生，赶出门一看，是一个样子很落魄的小女孩，身上还受了伤，小女孩大喊着要找桐生。
桐生根本不认识这个小女孩，所以他决定不管，这时小女孩发现了他，但桐生依然没有理她。
“这不会是桐生老大的私生女吧……”有一个这样说话的人被桐生用眼神杀死了。
直到小女孩把一直抱着的包裹打开，桐生的脸色忽然变了，决定收留这个小女孩。
“他可能就是我的私生女，所以，就由我来处理吧。”桐生似真似假的扔下这句话。
少女对桐生提出了委托，内容是“请杀了宫本武藏”。据小女孩所说，他的一家人都被宫本武藏杀死了。
桐生询问为什么要找他，小女孩只是回答“有一个老爷爷让我来找你”，但却完全不知道老爷爷是谁，只知道那个老爷爷的胸前有一道伤疤，问到小女孩为什么说是宫本武藏杀了他的家人时，小女孩拿出那把刀，“犯人就是用这把刀杀了我的家人的，这是宫本武藏的刀！”
桐生拒绝了（废话，难道要杀自己么），“就算我真的要替你杀人，你有足够的报酬么？”桐生试图用这种方法让小孩死心，没想到却起了反效果，小女孩为了要钱，竟把自己卖给了“鹤屋”……

流程
对话这里有选项，第一个是“你为什么要杀宫本武藏？”，第二个是“你为什么要来找我？”大致内容一样，只是对话的切入点不同。
看完剧情序章结束。

第一章 宫本武藏
剧情
进入回忆阶段，武藏（桐生一马）在一家道场教剑道，一天，一位不速之客来访，武藏得知他叫做丸目长惠（细心的人应该已经发现了，此人的原型就是如龙2中，女主角的上司。），是德川家的人，他是来邀请武藏去为德川家效忠的，但条件是必须要通过考验，就是和他打一场。
没想到武藏轻易地就被打败了，但更加没想到的是丸目对这样不堪一击的武藏说出了“合格”二字，武藏百思不得其解。
“因为你没有‘型’。”夜晚，武藏找到丸目，得到的确是这样的回答。
“所有的武士都有自己的流派，但是你没有，所以你有无限的可能。战场上，获胜的因素有两个，一个是武艺，而另一个，是好奇心，对斩人的好奇心。其实与其说是好奇心，不如说是决心，当我击败你时，你的眼神是真的想杀了我。”
武藏自己也感到迷惑，难道自己是一个渴望杀人的人么？他决定在历练中重新认识自己。
几个月后，战争的前夕，武藏刚直的性格令他和别人起了争执，并大打出手。丸目出手制止，随后南光坊天海也来参了一脚，对武藏表示出很大的好奇。
所谓不打不相识，之后武藏与真岛五六八成为了搭档（其实在前作的调查表中，玩家对“让真岛和桐生成为搭档”的呼声还是很高的，这次世嘉采纳了玩家的意见），一起执行暗杀反叛者的任务。从丸目阴郁的表情上就可以看出这次的任务并不是那么简单，但是二人没有注意到这些。
直到武藏杀死了所谓的“反叛者”，二人才发现了事件的严重性，真岛发现反叛者的刀上竟然印有菊花（日本只有皇族才能佩戴菊花饰物）。
“你们竟然杀害了德川大人的次子，结城秀康！！”听到这些话，二人才发现了事情的严重性，杀出血路，落荒而逃……（结城秀康……新鬼武者的主角被干掉了……）

流程
一开始就进入了剑道模式的训练关，第一项是拔刀收刀，（无聊而且很傻，只是站在那里不停地收拔，后面还有人喊“很好很强大”……真是很好很强大……）第二项是连击，第三项破防，第四项是连击后按住三角不放蓄力。
剑术指南说明
方向键按右键 拔剑
方向键按下键 收剑
2)连续按方块键
3)方块键连续攻击中 按三角键
达到一闪的效果
4) 防御
按L1键
5）破防
对方防御过程中 可以按圆圈键破坏敌人防御
6）残心
方块键连续攻击中 按三角键蓄力不放
之后和丸目长惠对战，似乎是必败……
夜里，如果先转一转会遇到桐生的弟子，他会向桐生告别。
顺着地图的标注来到丸目的房子发生剧情。
接下来时间转到几个月后，和真岛五六八战斗，这家伙基本上和系列前做的真岛是一样的，速度非常快且招式诡异，抓住空隙攻击。
剧情发展到刺杀反叛者，一路杀过去即可，能生好几级，中途会有一条岔路通向一个可以拿到一把武器的房间。
来到最里面，本章结束。