《勇者斗恶龙怪兽篇》就是以《勇者斗恶龙》系列中登场的怪兽为同伴配合，和强大的怪物作战，培养新怪兽，包含了怪物养成和战斗要素的系列。这次的新作《勇者斗恶龙怪兽篇JOKER2》完全保留了以上各种要素。

玩家操作的主人公要解开巨大怪兽云集的孤岛上隐藏的秘密。玩家需要使用特别的力量“スカウトアタック”将怪兽变成自己的同伴展开冒险。

成为同伴的怪兽可以通过战斗升级获得技能点，通过分配点数学会强化各种各样的技能。合成成长的怪兽还能够产生更加强力的怪兽。同样2头怪兽通过组合最大能够诞生3种新怪兽。游戏中登场的怪兽有300种，他们的组合数量更是庞大。此外，还能和神秘的新怪兽和本系列特有的大型怪兽成为同伴。

本作还在系列中首次实现了Wi-Fi实时对战。玩家可以将自己养成的怪兽编队和其他玩家进行对战。还能够和日本全国玩家进行怪兽排行战和使用"待机通信"对战。