《闪电11人3》在剧情上主要描写被人们称“国际足球新天地”足球岛的莱欧寇特岛将举办一届世界足球大赛，而圆堂守将代表雷门中学通过层层选拨代表日本参与这届赛事，在游戏中登场角色会超过2000人，而在前作登场的中田英寿将会再次在本作中以隐藏人物的形式登场，为了获得冠军向莱欧寇特岛进发吧！