在遥远的未来活动空间中，人类的脚步已经踏上了银河系的其他星球。新游戏中即将爆发的是一场珠宝战争，玩家将要挑战的对手是多个军阀首脑。起初这里有四家大公司十分猖獗，正当它们的势力已经扩展到即将成为人类世界统治者的时刻，其中一个公司由于进行了某种未知的实验，突然之间导致全人类的命运都陷入危机当中。表面上看起来，这里的形状好象是一个银河矩阵，其实不然内部还隐藏着很多鲜为人知的秘密。灾难降临后，玩家在飞行中会出现失重状态，这个时候的各种操作就会受到很多限制，因此想要取胜还需要借助其他帮助力量来完成。

宝石力量强大无比

《益智之谜：银河矩阵》的操作方法很简单，只要将三个相同颜色的宝石移到一起就可以很快被消去。由于战场所处的位置不断变换，这样重力有可能会对游戏产生一些负面影响。比如说在一颗行星轨道上受重力影响宝石被消去之后，它们上面的宝石会掉下来填补空白。假如战场位置恰好位于不受重力影响的太空中，那么新宝石则会从最靠近空白处的边缘出现。很久很久以前宇宙空间存在着一个不解之迷，随着时间的推移一个上流社会取代了一切，目前玩家所看到的是一个庞大的天体图，它是又多个太阳系组合而成的。

新游戏中的宝石有很多种颜色，其中包括红色，黄色，绿色，蓝色，紫色和银色。每种颜色分别代表着各不相同的作用，譬如红色代表着你的战斗武器，黄色代表着你的作战能量，绿色代表着能够升级你的个人电脑。只有想办法消去它们才能为相应部分提供能量，就那里面的干扰特殊技能来说，它可以直接导致对手的防护盾完全失去效应。还有蓝色宝色代表着玩家这一方飞船的防护盾；紫色代表着巨大的“PSI能量”，好象类似于其他作品中的经验值；最后一种银色则代表的是情报，玩家消去的越多，自然获得的情报就很多。

在上流社会中存在有很多太阳系，而且每一个太阳系都被多个派别力量控制着，它们还在那里设置了强有力的政府统治中心。不同的太阳系之间有一个可以来回跳跃的大门，这样你可以在天体图中任意自由移动。各大派别间和睦相处的时候，那么NPC飞船将会降落在地面上呈现绿色，而且绝对不会攻击你。但是一个派别对你不满意的话，这些飞船会变成红色，那样你将会遭遇大量麻烦战斗。此外，同《益智之迷：战神的挑战》相类似的是，《益智之谜：银河矩阵》设置了相同的多种多人战斗模式供玩家自由选择。所不同的地方是新增加了一个外交系统，这样你只有处理好和其他势力之间的关系，才能确保手头上的管理资源不断丰厚起来。