这是在很久很久以前……
　　现在的玛娜之树还没有诞生的时候的事。那时，イルージャ岛位于世界的正中，海的正中。当然岛上，还是耸立着玛娜之树的。
　　你们到现在听过很多关于玛娜之树的故事了吧，接下来将要讲述的，是仅有一次的，玛娜之剑以自己的意志挑起斗争的始末。
　　那好，故事接下来就开始了……
　　简单流程：
　　PUSH START，选择“はじめから”，生成主人公角色，选择颜色，最后输入主人公名字，游戏就开始了，就这么简单。关于各角色特性请参考圣剑DS介绍和研究。下文以选择少年フリック（Flick）为准进行攻略，其他角色剧情相同，只有对话有少许区别。（开始情节，Flick是与村长练剑，Tumble是给婆婆采药草归来，Pop是想进鬼屋时被爷爷抓住，Nikita是帮杂货店老板搬完货物……）
　　村长Moti的家里。
　　Moti：“今天的剑术就先练到这儿吧。”
　　Flick：“再增加些练习吧，村长。我想快点变得更强……”
　　“呵，你这永不服输充满斗志的双眼可真像你父亲呀。”
　　“父亲？”
　　“他过去曾经还是Wendell的神兵队长呢。你父亲是名斗志昂扬的勇敢剑士……”
　　“啊，我正是想成为父亲那样的剑士。所以请多磨练磨练我吧。”
　　“不用急。现在是像10年前灾难时那样，到处都是魔物的世界啊。”
　　“但是……”
　　“硬撑着训练只会带来伤痛。今天就到此为止吧。”
　　“切。那我去找Tiss玩啦……”
　　“等等。Tiss应该到了去玛娜之树那和祈祷的时间了。不能去打扰她的工作。”
　　“祈祷？这种玩意儿逃掉不就得了……”
　　“作为树之圣女的她，向玛娜之树献上祷告是为了传达对玛娜女神的感谢之情而进行的神圣的事，怎么能逃掉……？”
　　“话是这么说……”
　　“你可不能去妨碍Tiss喔。”
　　“知道啦……今天谢谢了。”
　　来到石碑前。
　　Flick：“哟，Tiss。”
　　Tiss：“啊，Flick！”
　　“差不多到去祈祷的时间了吧？”
　　“嗯。正准备要去了。”
　　“今天还是要去调查？”
　　“嗯，最近令人在意的事情很多。”
　　“在意的事？”
　　“嗯。也可能是我多心了，花草、动物们都变得很奇怪，让人总觉得很不安，好像在害怕着什么似的……”
　　“呼……我是不懂啦，没事就好了呢。”
　　“嗯！啊，对了。这个能帮我捎给Moti先生吗？”
　　“村长？可是可以……”
　　“快到祈祷的时间了。所以拜托！”
　　“真是，真能使唤人呀……”
　　“这是村长要查的关于植物异常发育的记录。你这样告诉他就会明白的了。拜托了！”
　　（得到记录）
　　“知道了。我会去交给他的。”
　　“谢谢。那一会儿再见喔！”
　　来到Moti的家。
　　Moti：“Flick，怎么了？”
　　Flick：“Tiss给了我一本记录呀……叫‘植物异常发育’什么的。”
　　“是吗，谢谢你了，Flick。”
　　“那再见……”转身欲离去。
　　Wats：“打扰咯～”撞进门来，把Flick赶回原处。
　　Moti：“Wats！这不是Wats吗！”
　　“哟，Moti。”
　　“好久不见，近况如何？”
　　“哦，如你所见哟。你看起来也很好，那太好了。”
　　“嗯，托您的福。”
　　“……嗯？你是Flick吗？没见到一阵子长壮了呢。”
　　Flick：“真的？剑技也成长了喔。”
　　“这小子，真说到做到了呢。”
　　Moti：“说来还真少见呢。岩石之王竟然亲自来访……”
　　Wats：“啊，其实是有点事那……”
　　“到底怎么了？”
　　“看这个。”
　　“这是……”
　　“我们叫做辉石（GEM），是我们年轻人无意间发现的，看起来不像是普通的石头。”
　　“……这怎么说？”
　　“里面似乎藏着不可思议的强大力量。”Wats继续道，“Bon Boyaji那家伙还说，它能够改变生物本质。”
　　“改变生物……？Bon博士说的？”