流程攻略：

游戏开始，小马里和小路易移动到公主的房间发现小库巴正在捣乱，这一战是教程，没难度。战斗结束后外星人突然侵略，随后剧情回到现代。

现代送走公主后中老蘑菇突然倒地，马里奥来到老蘑菇的房间帮他拿药（地图教程）。老蘑菇恢复后时间机器回来了，然而舱门打开后没有公主的踪影缺出现了一个怪物（教程）。然后赶往花园的时间旋涡。

来到过去，在行李的教程后时间旋涡消失，暂且前进吧。在路上遇到了一个蘑菇头，听说村庄被袭击了，英雄马里奥当然不会袖手旁观了，赶快去帮忙。终于来到了上顶上的村庄，外星人正在破坏村庄并袭击蘑菇头们。在一间房子中，圣诞老人被卡在了烟囱里需要马里奥过去顶他一下，虽然帮助圣诞老人离开了烟囱却难逃外星人的追捕，看来难免一战（此战必败）。

剧情切换到BABY，库巴的飞船正在受到外星人的追击。BABY在机舱中听见了库巴的命令来赶往舰桥。因为小公主强硬的“命令”，库巴无奈的救了被打败的马里奥和路易。BABY下了飞船后来到马里奥身边，遭遇外星人，因为有免费龟壳所以毫无难度。成功救出马里奥和路易后一行人前往城堡，但是城堡已经完全被外星人占领，库巴的飞船也被击落在了自己城堡内。一路前进，路上遇到了BABY结伴同行，今后在一些跳不上去的台阶以及谜题都需要BABY来帮忙。途中有一处BABY黑暗中找路的谜题需要提一下，马里奥和路易需要留在大块方格下按照颜色来顶，顶对一次会有几秒的黑暗消失时间，此谜题过后得到一个碎片，并找到了时间旋涡。

回到现代后和博士对话发生剧情，然后进入碎片制造的时间旋涡。来到了过去的一片森林中，显然也已经被外星人占领，途中遇到了公主的跟班并得知了真相，看来要救出公主必须要打败女王。在许多透明方块的地方将BABY扔进大树根中，点燃地面上所有的透明方块，然后将小方块中的火焰顶到大方块中，再顶一下大方块便可以烧掉拦路的植物。有钉子的地方让BABY在树洞中控制浮板的方向，马里奥在浮板上移动。地图左上及右上两处地方中较高的方块必须要马里奥跳起后扔小马里奥才能顶到，左上右上两个机关都开了以后就可以进入房间。进入房间后马里奥和路易被大鼻子吸走，BABY战胜被操纵的乌龟后得到新技能，随后的房间中敲击两个红色按扭开启机关，有一个红色按扭的房间无入口，必须从墙上跳入。来到老树这里，将4个灯泡砸碎救出马里奥和路易。而后的谜题机关都不难，不外乎大人小孩轮流开机关。BOSS是一条虫，要注意两个杂兵拿出的蘑菇掉到杯子后会改变颜色，BOSS喝下红液体会恢复HP，喝下黑液体会溺死，喝绿液体会为UFO补充能量攻击玩家。打败BOSS后得到第二块碎片，却被小库巴拿走。

回到现代和博士对话发生剧情，出现了4处新的时间旋涡。然后来到花园找老蘑菇学新技能。4处新的时间旋涡目前能去的只有两个，城堡右下角的旋涡通向我们以前去过的蘑菇村庄，目前应该前往图书馆的时间旋涡。

来到了过去的耀西岛，在一间房间中发生剧情后遭遇大恐龙（非战斗，暂且不去管他，继续前进）。来到第2副地图后发生剧情出现了许多阻挡道路的火焰，小马里奥学会的喝水新技能可以扑灭这些火焰,要注意的是吐出的水可以通过管道移动。当所有的火都扑灭后便可以继续前进。第3副地图中要注意的是通过旋风可以使马里奥和路易飞的更远。在山顶遇到小库巴，进入BOSS战，BOSS是库巴手下的法师，骑扫帚状态会分身，不过攻击方式比较单调，非骑扫帚状态的攻击方式只有放出火焰范围攻击。此BOSS的攻击方式多但比较容易躲，而且HP不多，难度不高。

终于追上了库巴，不幸的是库巴将碎片吃了下去，更不幸的是包括主角们和库巴全都被大恐龙吞入肚中。恐龙肚中的小房间关着小恐龙，必须将他们放出帮忙耀西推石头。在一个树洞中得到的食物可以帮助大厅中饥饿的小恐龙。在第1间房间中（地图从右到左为1到5房间），用小马里奥的吐水技能攻击UFO可救出小恐龙。在第2间房间小马里奥们从中间的洞跳下并打击墙上的按扭可以救出小恐龙。在第4间房间中按照墙边的颜色提示打击墙上的按扭进入密室，并按照关小恐龙门上的提示颜色打击墙上的按扭就可以开门。在第5间房间中直接战斗便可。耀西们终于合力将石头推下清理的大恐龙的肠胃。进入肠道中，外星人正将小恐龙们关在蛋中，使用马里奥将蛋顶到空中同时小马里奥吐水攻击蛋便可救出两只小恐龙。来到最深处遇到BOSS蛋怪，BOSS在站立状态的攻击方式有两种，一种是扔蛋攻击玩家，比较容易躲；另外一种是吃玩家补充HP。BOSS身边的蛋被破坏后小恐龙逃脱并推石头，当5个小恐龙逃脱后推下石头砸倒BOSS，此时攻击BOSS效果明显。打败BOSS后从大恐龙体内逃脱，并终于从库巴那里拿回了两块碎片。