回到现代先后找博士和老蘑菇学变球的技能。在一个有齿轮的房间，用变球技能在齿轮上滚出现新水管可以通到蟾蜍村，不过目前进去也走不远。在跑楼梯的游戏中用变球技能可以达到城堡最高处，进入此处的时间旋涡来到过去沙漠。

来到沙漠，这里的机关是将4作像开启，方法是马里奥和路易以及BABY分别站在面对的两作像前面顶4色方块。进入建筑物中，亲眼目睹了女王将公主送入食人花口中，还不快去救公主。路上的谜题并不难，很快就可以来到BOSS处，BOSS是个棒糖外星人，攻击方式有两种，第一种用棒糖攻击，容易躲但是攻击力高，另一种是扔黑蘑菇、红蘑菇和火球，随即性比较大不过伤害一般，黑蘑菇有中毒效果，总体来说此BOSS不难缺很磨时间。

虽然打败了BOSS，却因为敌人人多势众被砸入了地下。地下入口附近有商店，用小马里奥杂碎墙壁进入，趁此机会补给一下吧。来到地图中央，此处机关需要马里奥变球滚齿轮，小马里奥吐水，并且击中上下屏幕同样的物品3次。第2副地图滚球游戏的最后一段必须走路完成，中央机关还是变球滚齿轮，小孩上去顶3个方块便可。来到第3副地图开始食人花BOSS战，BOSS飞行状态的攻击方式只有一种，但是随即性比较大，钻入地下以后攻击方式有两种，都比较容易对付，但是要注意BOSS钻入地下后不可跳跃攻击。打败BOSS后得到第3块碎片，将BOSS身后的墙壁敲碎继续前进救出公主。

回到现代找老蘑菇学小孩的飞翔和压扁技能，用飞翔技能救出被压扁后吹走的小公主。然后来到公主的房间遇到库巴，库巴将公主劫走的路上不小心掉入了时间旋涡中。使用刚学的飞翔技能进入库巴掉入的时间旋涡。

来到过去的火山遗迹，这里的谜题都很简单，用飞翔和压扁的技能都可以解决，第1副地图山顶上的惊叹号方块需要用小马里奥砸下。第2副地图中央处的机关需要马里奥和路易旋转滚齿轮增加风里，小马里奥压扁状态飘到云上顶惊叹号方块。来到火山口发现公主的王冠，突然火山爆发，立刻赶往山下的研究所。火山喷发的岩石将研究所全部破坏，然后必须让马里奥旋转开启阀门，小马里奥喝饱水灭火。没想到博士突发奇想用高压水泵扑灭火山（汗）。然后再回到火山口遇到巨石BOSS，BOSS的攻击方式有两种，一种是吐出石头连续攻击，一种是范围震击，BOSS受到一定攻击后变成4个小石头，攻击方式很简单。总的来说此BOSS不难。

进入火山第1层，来到大炮处将BABY扔进墙壁的洞中，接着开始老虎机游戏，游戏结束后机关开启。第2层无难度，顶绿色惊叹号方块便可继续前进。第3层玩吃钻石游戏得30分以上便可以消去红色方块。来到最底层和BOSS交战，BOSS是库巴和小库巴，库吧的攻击方式主要是范围震击和喷射火焰，速度比较快而且随即性也高，麻烦的是小库巴还会给库巴回血，在库巴变成龟壳来回撞的时候一定要将其打回去，这是唯一可以攻击小库巴的机会。打败库巴后公主被抓入UFO内，马里奥等人也一同进入了UFO。

进入UFO第1层，这层内的惊叹号方块会在黑暗中游走，必须让BABY敲击墙上的按钮开灯才顶的到。来到第2层，终于追到了公主，却没想到是外星女王的圈套，幸好被记者MM所救，不过最终没有逃脱陷阱的命运。

从UFO掉落到了蟾蜍村，这里需要马里奥和路易与BABY在地图的左右两边分别顶4色惊叹号方块。地图左下角的时间旋涡可以回到现代。通过右下角的水管来到星星山，山顶的BOSS是炸弹指挥官，当一前一后托着炸弹的外星人被消灭后指挥官才会出现，如果将前两个外星人消灭的话炸弹会直接攻击玩家而且不能回避。总体来说回避攻击都很简单，难度不高。继续前进，来到星星王国的顶端，顶到彩虹方块后进入星星大门。第2副地图中将5个地区的星星方块放出的光相连出现水管。第3副地图谜题很简单，来到左上的房间进行BOSS战，BOSS的攻击方式主要是扔火焰和扔炸弹，当空中出现UFO时可以通过敲炸弹回数值，BOSS站立状态不可使用跳跃攻击。战胜BOSS后得到5颗碎片。

来到现代去找博士，接着来到3楼的时间旋涡。来到女王的城堡，女王的城堡中的谜题机关比较烦琐，不过没什么新花样。在第2副地图中同沙漠相同，需要马里奥和路易与BABY在两个地方同时顶4色方块打开中央的门，进入第3副地图来到顶部的UFO内玩打UFO游戏，然后来到第4副地图，一系列烦琐的机关后进入下水道。下水道吊桥处需要BABY飞到中央同时顶4色方块将吊桥放下。第2副地图中，顶与水管中的怪物成一直线的两个星星方块攻击怪物，最后一个红星时出现5个怪物中嘴巴动的最快的一个是真货。回到城堡第2副地图，将最上方的激光开启后水管解封。来到女王雕像内遇到公主，同时遭到了女王UFO的袭击。注意此时记录后前进直到游戏结束无中断，而且最后要连战3个BOSS，注意补给。打UFO游戏中直接炮击女王的UFO无效，必须通过攻击小UFO撞击女王的UFO造成伤害。紧接着就是女王的BOSS战，女王在保护膜状态下的攻击方式很简单，没有保护后的攻击方式比较难回避，扔出的星星除非被踩掉否则一直会攻击玩家，顺移后扔光球随即性比较大速度也很快而且附带毒性。总体来说女王的攻击次数非常多，不过攻击力不算很高。将女王打败后紧接着进入女王姐姐的BOSS战。女王姐姐的攻击方式有冲撞和配合UFO攻击，每回合公主都会提供星星攻击UFO，这个机会千万不能MISS，没有UFO的话女王姐姐并不强。女王姐姐会变身一次，变成八爪鱼后只有当脚部被破坏后才可以攻击王冠，王冠被破坏后攻击头部才有效，打女王姐姐是消耗战，非常耗时间。回到现代后发现昏迷的库巴，不幸的是被女王姐姐的灵魂占领，于是还要和库巴战斗一次，变异的库巴以外的好打，只要回避他的攻击就可以直接攻击女王姐姐的灵魂，很容易便搞定了。游戏到此全部结束，二周目没有追加内容，而且美版SC和LINK都出现通关后白屏现象。