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故事介绍：
某一天，克罗罗在宇宙人街道的垃圾回收店中发现了一台神秘的游戏机。好奇的克罗罗在游戏中发现了一个奇怪的标志，他于是点了下去，这一点不要紧，画面内的城市突然充满了怪物。而同时，竟然现实世界的地球中也充满了怪物。
库鲁鲁调查了游戏机后，让克罗罗按下特定的按钮，于是青蛙军曹一行人进入了游戏世界内，库鲁鲁说，为了解决事件，必须找到在这个世界中存在的另外一台游戏机。
开始寻找另外一台游戏机的克罗罗小队首先来到了怪物出现的城市内，在那里，他们知道了被三件传说中的装备而封印的大魔王“阿公”所存在的事实。为了进入魔王的城堡，他们开始在世界各地展开了传说中的装备收集之旅。
三大世界观
武士青蛙、海盗青蛙、骑士青蛙等具有三大世界观的本次游戏舞台，均拥有着独自的特色，玩家将要在这三个世界里分别展开完全不同的冒险，险峻的大山、广阔的大海、茂密的森林迷宫、有秩序的文明建筑等等都会是克罗罗青蛙军曹们的冒险地带。
骑士克罗罗的世界：
险峻的高山、广阔的沙漠、茂密的神秘森林。不需要外人干涉，而自然形成的自然而又坚固的文明，对于注重着严谨秩序发展的骑士们来说，的确是很符合他们的气质。
只是在这个地区中最大的王国首都中，一行人正在为他们的公主失踪的实践而抓破了头皮。
失去了如同太阳般乐观开朗的公主，王国首都可以说是陷入了一锅粥的状态，而这时，一名少年骑士和克罗罗小队却勇敢地站了出来主动要求去拯救公主。究竟他们的勇气是否能够得到真正地发挥呢？
海盗克罗罗的世界：
在大海正中央突然出现了巨大的旋涡，在这个巨大旋涡附近一带，就如同被幕帘遮盖了一般，与外面世界所隔离着的大海中部。这一带偶尔出现的岛屿群对于附近的航行船来说，是一个非常不错的外部地域。
克罗罗青蛙军曹一行不小心直行突入了大旋涡的中央，几乎命丧大海的时候，被豪爽的大海盗船长救出来了。
和海盗一行的船继续旅行的青蛙军曹原本以为安全可以继续展开旅行，却没想到他们被蛊惑旅行船的海妖“莎连”的歌声所抓到，再次进入了大危机！在不可思议的大海世界里，青蛙军曹它们会展开怎么样的冒险呢？
武士克罗罗的世界：
在这个世界里，这个国家通过依靠建造了关卡，来限制人们的通行。这个国家也因此很少与其他地域有交流，而形成了自己独自的特色文化。近期这里各地发生了不少的战争，导致战后伤痕累累，在这里居住的人们都小心谨慎地生活着。
克罗罗青蛙军曹它们在这个地方，到达了一个被寒冷深雪覆盖着的一个小村里。
为了获得神灵的保护，这个小村要向这里的山神奉献一个女孩作为新娘，军曹它们在奉献新娘的前一天，碰到了这个女孩。它们知道了一旦女孩成为了山神的新娘，就再也无法回到村庄里了。然而对于如此残酷的命运，少女却没有任何一句怨言，究竟少女的内心是怎么想的呢？
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