第十章 狸爷的委托
剧情
桐生晕迷的期间，伊东向吉野和遥说明了桐生的身份。
之后遥一个人照顾着晕迷中的桐生，他回想起当年家人被杀的样子（那个假的宫本武藏竟然是丸目……长了一张老实脸，但实力不俗啊），一时冲动，拿起短刀瞄准了桐生，但他终于还是下不了手，一个人跑出去了。
“不去追吗，桐生？”进来的吉野对着“晕迷中”的桐生说。
“现在的我，还什么都不能告诉她……”（桐生虽然隐姓埋名的实力不行，但是装晕迷的本事却很好很强大。）
之后桐生伊东光悦三人一起商量之后的事情，果然这次的宫本武藏的信息，依然是放出的假消息。
但是桐生不打算放弃，他要遵守跟遥的约定，伊东光悦虽然骂他是笨蛋，但是也依然表示要支持他到底。
这时忽然出现了一个怪老头，他是他是胤荣的朋友，缠着桐生给他做京城的导游，桐生只得带着他到处跑。
去鹤屋的路上，桐生撞见了真岛（好久不见），于是只好把他也带上。
果然真岛出现就没什么好事……吉野一见到真岛，马上就失态了（杀父仇人啊……）。
郁闷的真岛跑到房顶上透气，一不小心从房顶上滑了下去，在地上摔成了"C"型（这是这种怪异角色的特有摔法……）但是这么一摔，反倒把记忆摔回来了……
真岛掳走了遥，桐生追了过去。
“为什么，真岛！你不是想起来了么？我们是最好的战友啊！”
“闭嘴！！！我把浮世托付给你，你竟然把她……把她卖到妓院！！”原来真岛把浮世和吉野搞混了。
桐生打败了真岛，一旁的吉野也跑了出来。
“真岛先生，我不是浮世，我是姐姐扬羽！”
真岛愣了愣，“这样啊，是我搞错了……那么，浮世呢？他还在乡下好好的活着吧！？”
“不，浮世已经在四年前……为了保护我……” 桐生把压抑在心中的话都说了出来。
但这时，小次郎忽然跑了出来，要杀掉遥， “把她也杀掉之后，我的任务就结束了……”
眼看刀就要砍下去，真岛尽力拦住了小次郎，但却被小次郎杀害了。
看着真岛再一次落了下去（…………这回你真的摔死了么，真岛？），桐生再一次无法抓住挚友的手。
“小次郎！！！！！！！！！”桐生几乎要发狂。
此时，之前的怪老头忽然出现，他一点也不怕小次郎，反倒是小次郎有些紧张，竟然看在老头的面子上放过了遥。（天哪，老人家你不会是德川家康吧……）
老人对桐生说，想知道一切，就之后去找他。
一切的一切，终于要真相大白了。

流程
怪老头出现，要带着他到处转，第一个是要吃团子，按地图表示来到茶屋买团子即可。
下来是赌博，带老头去赌场，随便赌一把，之后强制战斗。
之后是见世物小屋——饭馆（买天妇罗）——将棋社（不会下就赶快输吧）之后会强制战斗，最后就可以回鹤屋了。
剧情后要去救遥，这里敌人很多，终于玩出了点动作游戏的感觉，这里有石堆需要用炸弹炸开，寺庙前有一个人会给你炸弹，在石堆前面按方向键上就能使用，不乱用的话两个就够了。
之后和真岛对决，这家伙这次速度快到极致了……非常缠人，建议使用双刀打，因为双刀可以防背后。
获胜后本章结束。

第十一章 真相
剧情
第二天，町里出现大批武士，“哪一位是桐生一马之介大人，还有遥小姐？”
“我就是。”桐生站了出来。
众武士纷纷拜倒在地。 “幕府征夷大将军——德川家康大人有请。”
来到了二条城（幕府的政治中心），二人等了片刻，怪老头就走了进来。
“哎呀呀，桐生，昨天你带我去吃的天妇罗真是太美味了啊~~~~”
“…………”
“怎么了？有什么问题么？”
“你到底是谁？”
“……德川……家康。”（乌拉乌拉乌拉乌拉乌拉！！！！！！这情节华丽的犹如扯淡啊啊啊啊啊啊啊啊啊！！！！！）
桐生的眼睛瞪得犹如探照灯。
“为什么你要找到我们呢？德川大人……”遥怯生生的问。"
“不要叫我大人啊，遥，还是叫我爷爷吧，因为………………你是我的亲孙女啊！”（拿泥拿泥拿泥拿泥拿泥？？？弛星周你很好很强大啊啊啊啊啊啊！！！）
遥的眼睛瞪得亦如探照灯。
“你的父亲就是结城秀康（注1：你爸爸是鬼武者啊遥！！）（注2：果然你爸爸还是桐生杀的啊遥！！），当年为了避免你被奸人所害，就把你寄养在了大臣的家里……”
总之，遥失去亲人，桐生的人生被扭曲，这一切都是万恶的权力斗争带来的辐射尘……
家康希望遥和他一起回去，但是遥回绝了，
“我喜欢那个叫鹤屋的地方，喜欢那里的人们……我希望能和大叔……不，桐生先生生活在一起。”
最终遥决定留在鹤屋，告别了家康后，桐生在家门前见到了吉野，她向桐生表明了爱意，桐生也欣然接受，于是当晚二人就进入了“大人的世界”……（什么也看不到……？屏幕黑一下就过去了？这游戏不是17+么？还是说我错买了好娃娃剪辑版…………）
第二天清晨，桐生启程前往柳生之里，去了解小次郎这个人。
来到柳生之里，桐生被一群弟子当作可疑人物围了起来，桐生毫不犹豫的把他们全部放倒了。
终于见到了石舟斋，竟然是四年不见的和尚。
石舟斋告诉桐生，其实四年前他见到桐生的时候，正是他在阻止自己的儿子——柳生宗矩的计划的途中，而柳生宗矩的另一个身份，就是佐佐木小次郎……
另外，丸目长惠，其实一直是石舟斋的卧底……
“丸目桑，现在的我，和小次郎一战的话，谁会胜呢？”临走前，桐生问丸目。
“…………”丸目没有回答。
“果然是这样吗……”
“宫本，和我一战吧，虽然不同，但小次郎的剑法也是出自柳生，这算是给你些经验。”

流程
超长的剧情过后，一路来到柳生之里，和一大群弟子发生战斗。
又是超长剧情，之后和丸目战斗。
本章结束。

第十二章 岩流岛
剧情
桐生终于决定迎娶扬羽（吉野的真名），但是因为遥的失踪，心神不定的桐生跑出会场，站在经常见到遥的鹤屋后门发呆。
“真巧啊，宫本武藏。”
“小次郎！？”
来者竟然是小次郎，他向桐生提出了决斗。
“但是我现在没有和你战斗的理由……”
“那么，如果是为了保护那个小女孩呢？”
“什么，难道是你把遥……”
“放心吧，他现在作为南光坊天海的人质，还是好好的。但是你要救他，就来和我决斗，如果你赢了，我就把她还给你。”
“…………你为什么要这样，你背叛天海了么……？”
“不……和你决斗，只是我作为武士的一个夙愿而已……四年前，是你唤醒了我作为一个武士的灵魂，那天起，我就一直渴望和你再战……”
“……决斗地点是哪里？”
“岩流岛。”
说完，小次郎转身就走。
“小次郎！……我也是一样，一直渴望和你再战，我会去的，为了救遥，也是为了自己的夙愿……”
几天后，桐生来到了岩流岛。
作为武士的二人如愿以偿的大战了一场，最后桐生以一点点优势战胜了小次郎。
二人倒在沙滩上，喘着粗气。
“你真的很强，武藏。”
“你也不赖，小次郎。”
小次郎站起来，向桐生伸出手，两只手有力的握在了一起。
这一刻，二人之间多年的恩怨终于冰释。
意料之外的，忽然一声枪响，小次郎的肩膀中了弹，倒了下去。
“哈哈哈，小次郎，你这愚蠢的家伙，做我的手下有什么不好，竟然想着背叛我，去死吧！”
“天海！！！！！”来人正是南宫坊天海，原来岩流岛正是他的秘密军事基地。
“我不允许你侮辱我朋友的生活方式！今天是我……宫本武藏存在于这个世界的最后一天，我会为这个身份做一个了断……之后，以桐生一马之介的身份……活下去……所以这一切的幕后黑手，天海，我要斩了你！！！！”
桐生杀入了人群，普通的士兵哪里是不再犹豫的桐生的对手，天海见势不妙，拉着遥就向着岛内跑去。
桐生一路所向披靡，终于将天海逼到了绝路，天海试图用权利诱惑桐生（大哥……你看他这张脸是你说诱惑就能诱惑的么……），但理所当然的失败了。
谁知这时天海忽然脸色一变，“哈哈哈，敬酒不吃吃罚酒！看看海边吧，我的军队已经来了！如果你杀了我，他们会把你们大卸八块！！！现在向我求饶还来得及！！”
桐生没有丝毫的犹豫，但此时小次郎忽然暴起，一刀就劈了天海。（抢功的家伙……）
此时，天海的大军已经上岸了，桐生让遥他们逃跑，自己一个人留下对付，遥不愿意，抱住了桐生，桐生也紧紧抱住遥，“遥，从我的人生被扭曲开始，我一直过着行尸走肉般的生活，是你给了我新生，所以，现在是我回报的时候了，我会用这条命，给你活下去的机会……”
说完，桐生就一个人冲进了密密麻麻的敌人当中……（这里音乐很好听）
（“完”屏幕上出来这么一个字，别相信，按照系列前作的规矩，制作人员表后肯定还有一段。）
字幕过后，我们看到的是十年后，又是一场战役的前夕，主将柳生宗矩（佐佐木小次郎）在询问谁愿意做敢死队员。这时一个似曾相识的场景，和关原之战的前夕几乎一模一样。
但这次，反应却是不一样的，
“我愿意。”
“我也愿意。”
“还有我。”
…………
“我们不会退缩的，作为男子汉，就要创出自己的功名！同时，也是为了那个——那个为了我们的国家，献出自己生命，战斗到灵魂最后一刻的伟大男人——宫本武藏而战！！！”
坐在一旁的丸木，和小次郎对视着，默默点了点头。
镜头一转，人群的后面，一个男人坐在月光下，
“你灵魂的碎片看来已经在人们的心中扎根了啊，小桐生。”
此人，正是真岛。（…………你这家伙又没死……驰星周，如龙四你是不是准备搞圣斗士啊……）

全篇完

流程
充满刺激战斗的最终章，之前抱怨战斗太少的玩家好好享受吧~
来到标示处坐船到岩流岛。建议之前把身上装满回血药，不然之后会很辛苦。
和小次郎战斗。不愧是最强，血多，速度快，霸体……注意沙滩上有一根船桨，拿这个打小次郎有奇效。（尊重历史……历史上小次郎是被桐生拿船桨拍死的……）
对天海军。大乱斗，几乎要把游戏里的所有兵种出一遍……建议先打远程兵种。
对五鬼众。连着五个BOSS，前四个分别是短刀，大刀，相扑，长枪，都是一对一，小心即可，第五个会叫忍者来助阵，打光忍者他才会再出现。
对天海，往石头后面躲，当他上子弹时冲出去打，非常简单。
之后游戏结束。

通关追加自由收集模式和斗技场模式，也可以集成要素，进行二周目。