第二章 关原之陷阱
剧情
逃出来的武藏二人赶到会合地点，却发现没有任何人在，二人聊了起来，
“其实今天是我第一次杀人……”武藏看着自己的手，似乎还能看到上面沾着的鲜血。
“是这样啊，怪不得你有些害怕……”
“不，正好相反，我一直觉得杀人是一件很可怕的事情，但是现在我却是如此的平静，或许，我很适合杀人……”
“这话不对，只有依靠杀别人才能肯定自己，那就不是武士了，只是个杀人狂而已……就像以前的我……”
两人正说着，丸目突然出现，“你们两个果然还活着，但是，请在这里死去吧……”
二人终于意识到自己被利用了，拼了命从寺庙里杀了出来，却发现已被敌人包围，带头人正是著名的天才剑士--佐佐木小次郎（虽然有些不同，但还是能看出来他就是如龙2里最后露出阴谋的那个戴眼镜的韩国人）。
武藏被逼之下，终于又拿出了双刀，使出了久违的二刀流。
一番恶战，杂鱼都被干掉了，但是却依然不能伤小次郎分毫，情况越来越糟，真岛为了保护武藏，被小次郎砍中了眼睛。
好友被伤，武藏终于发怒，竟与小次郎拼了个不相上下。
“你的名字是？”
“宫本武藏，你呢？”
“佐佐木 小次郎。”
“总有一天，我还会和你再战的。”
二人宿命的螺旋，从此开始旋转。

流程
一开始先到寺庙外面转一转，地上捡些道具（还有一只翻不过身的乌龟，可以帮助一下。），然后回到寺庙和真岛对话。
丸目出现，人很多，恶战。
桐生使出二刀流，教学关。
本章结束（几乎全是在打……）

第三章 誓言
剧情
炎热的夏天，田间，一位女子正在插秧，这时一个衣衫褴褛的男人走了过来，
“你就是浮世小姐吧，”男人说着，从腰间拔下一把刀，递了过去，“这是你哥哥真岛的……遗物……”
男人名为宫本武藏，此刻，他再次陷入了回忆之中。
武藏带着真岛，一路逃亡着，就在快要到达真岛的家乡时，德川的追兵赶了上来，桐生奋力迎战，但也终究难敌四手，真岛知道自己命不久矣，于是切断桥索，与追兵同归于尽。
“真岛！！！！”武藏竭力的呼喊，但也终究只能看着真岛带着他那玩世不恭的笑容，堕入深渊。
（真岛这次死的很英武，发现此人的形象是一代比一代强大了，不知道世嘉想干什么……）
但是出乎意料的，浮世拒绝接受哥哥的刀，
“其实，他并不是我的亲哥哥……相反，他是杀死我父亲的人……”
原来在真岛曾经杀过的人中，就有浮世的父亲，失去了父亲的浮世和姐姐两个人一直颠沛流离，之后姐姐为了浮世，把自己卖到了花街。之后一个人流浪的浮世竟然再次遇见了真岛，不过，已经改邪归正的真岛并没有伤害浮世，反而把它作为妹妹收养了……
充满着复杂的感情，让浮世不知道如何面对，然而这时，德川家的追兵再次追来，武藏用真岛的刀击败了敌人，
“我不会杀你们，这是我朋友的刀，他已经不再杀人，所以我没有得到他的同意前，不会用他的刀杀人。”
武藏将剑插在地上，以告慰真岛，“从今天起，就由我来代替真岛守护你……”
一年后的某一天，浮世忽然向武藏提出让他再次走上武士之路的想法，却被武藏拒绝了，但天不遂人愿，为了赏金而要取武藏性命的人不在少数，一批山贼来到村里，发现了武藏，已经发誓不再用刀的武藏，只得赤手空拳和山贼搏斗。
最后，武藏受到山贼的暗算，而浮世为了保护武藏也死于非命，临死前她请求武藏一定要成为一个出色的武士，武藏含着泪答应了她，把浮世的小铃铛饰品系在刀上，默默离开了村庄……

流程
几乎不需要操作的一章，一开始跑到浮世的屋子里和他对话就好（水田的对面还有一只翻不过身的乌龟）
下来是对付两个追兵，除了血多些没什么特点。
最后是空手斗山贼，游戏首次出现了弓箭手，要注意。
本章结束

第四章 新生
剧情
逃出村子的武藏并没有机会松一口气，马上遭到了杀手的追截，武藏纵然强，毕竟双拳难敌四手。
垂危之际，一个老和尚突然出现，一出手就是“无刀取”（就是“空手夺白刃”），吓退了杀手们，老和尚看桐生也是无家可归，就邀请他一起去旅行（这里武藏注意到了老和尚胸前的伤疤，这老和尚应该就是序章里小女孩提到的老爷爷了。）。
（这位老和尚是游戏的关键人物，虽然前期一直没有透露他是谁，但是从他无刀取的手法上，对历史有点了解的人应该也猜出来了。现在说有点远，先卖个关子。）
第二天，武藏换上了老和尚给的新衣服，踏上了他人生新的旅途。
目的地是一个叫做“祗園”的地方，路上虽然也有不少打武藏注意的人，但在身体恢复的武藏面前，也只有倒下的份。
很快，二人就来到了目的地。
如此奢华的场所，武藏还是第一次见到。
“这里就是祗園，一个只要有钱，就能买到一切的地方。”老和尚对武藏说。
但在武藏感慨之前，一位女性吸引了他的目光，（就是序章中的吉野花魁了），一个长的几乎和浮世一模一样的女人，桐生不由得惊呆了，但那女人当然不认识武藏，只是点了点头就离开了。
武藏刚想追上去，却被看门人拦住了，那是当然了，这里是一个钱说话的地方，一个十分落魄的剑客加上一个老和尚，怎么看也不像是有钱的样子。
这时候，老和尚不知从哪里掏出了一把金币（日本古时经常会因为金钱携带不便而把钱换成金质物品，和中国地大物博到处是金子不同，金币在日本已经是档次最高的了），看门人一下就变成了看门狗，点头哈腰的欢迎二人进入。
武藏了解到，那个女人是鹤屋众多美女中排行第二的大人物，于是武藏在工作人员伊东的带领下来到了鹤屋。
当武藏被问到名字时，他情急之下想到了一个曾经在浮世那里听到过的名字——“桐生”（还好不是真岛或是丸目……）。
从此，武藏从这个世界上消失了，有的只是一个叫做桐生的没有过去的男人。
纵然是虚情假意，但是吉野也表现得非常主动，眼看就二人就要进入“大人的世界”（……）了，忽然门外一声尖叫……
原来是客人发酒疯，竟然拔刀砍人，鹤屋的番头（相当于大堂经理）拜托桐生解围，桐生把刀交给吉野，空手去对付醉汉。但此时的吉野看到桐生刀上的小铃铛时，脸色一下变了，到这里玩家应该很明了了，果然她就是浮世的姐姐……
处理完事情的桐生得到了不少报酬， “一个只要有钱，什么都能买到的世界吗……我决定了，我要在这个世界活下去！”
几天后，桐生的“龙屋”正式开张，老和尚留下“桐生一马之介”这个名字后，向桐生告别。
“其实你留在这里的原因不只是因为这是一个金钱的世界吧？”
“啊，我要留在这里，等那个男人，那个杀害了我的挚友，扭曲了我的人生的那个男人。”
“这么说，是要复仇了？”
“不，与复仇无关，我只是想再次和他一决胜负，作为一个武士……”

流程
一开始就要和一群杀手打，人很多，打起来很乱。
之后就沿着地图指示一路来到祗園，路上终于出现野怪了，走过他旁边的话，就会出现按键提示，按对了就能躲过，不然要费血。
进入祗園后，首先和和尚对话，然后地图上出现标记，进去和柜台前的人对话，选第二个，然后伊东会和你说话，之后回去找和尚，再回来找伊东，跟着他就来到鹤屋。
剧情过后蹂躏一个醉汉，（虽然不能拿刀，但是是一对一的打，已经完全是蹂躏了……）之后本章结束。

第五章 一两的委托
剧情
剧情再次回到了4年后，小女孩将自己卖给了鹤屋。
总是有些不放心的桐生决定去鹤屋看看，在这里遇到了吉野和伊东，桐生得知小女孩名字叫做遥（比起系列前作，真是太丑了……），之后当桐生问道遥到底把自己卖了多少钱，
“一两。”吉野答道。
“真是难以想象的贱卖啊……”伊东感叹。
晚上，遥一个人跑到了桐生那里， “我带钱来了！这样你就可以接受委托了吧……”
桐生接过遥递过来的一两，似乎比普通的一两沉重许多。
“怎么了，不够吗……？”（废话，当然不够！）
“不……不是钱的问题……杀人，是一件比你想象的还要沉重的事情……你还是放弃吧，离开这里好了……”
“我已经无家可归了！我只有一个人了！”
一瞬间，桐生仿佛在遥的身上看到了浮世的影子，“你真的不后悔么，这个委托也许要以你的一生作为代价……”
“我不后悔！”
桐生叹了一口气，
“好吧，这个委托，我接受了。”
第二天，桐生开始调查，真正的宫本武藏就是自己，哪么遥口中的“宫本武藏”到底是谁，桐生从伊东那里得到信息，说是一个叫本阿弥光悦的人知道宫本武藏的消息，于是桐生立刻启程。
为了避免暴露“武士”的身份，桐生改从家里的密道离开。
没有通行证的桐生只得费功夫找人伪造一张才得以继续前进。
终于找到了本阿弥光悦，原来此人表面上是一个艺术家，实际上是一个拥有忍者部队的情报通。（一样的花屋大叔，一样的情报网……）
光悦提出条件，想要知道宫本武藏的信息，就要帮他找回他被盗贼抢走的宝贝，盗贼的名字是——穴户梅轩（此人算是比较有名的历史人物，他是忍者武器——锁镰的创造者，传说宫本武藏将他打败过。）
一路闯到了梅轩的老巢，见到梅轩后，确实让桐生吃惊不小，这个人竟然是真岛五六八，但是真岛似乎不认识桐生了，不由分说打了起来。（真岛这样的高人气角色果然不能说死就死……）
原来真岛确实失忆了，那天从桥上掉下去，真岛并没有死，而是被真正的穴户梅轩救了，之后真岛继承了梅轩的技术，成为了盗贼。
“这位小哥，我感觉和你一见如故啊……你认识我么，小哥？”被打败的真岛看着桐生，若有所思的说。
“不认识……”桐生思考了很久，终于还是没有相认，真岛的过去，对他来说太沉重了，有时候，忘记也许反倒是一种幸福……
回到光悦的屋子，桐生得到了“有人以宫本武藏的名字到处踢馆”的情报，正要出发，
“为什么你要找宫本武藏呢，你不就是武藏么？”
“为什么你会知道我是宫本武藏……”
“因为，当年你的通缉图就是我画的。”光悦拿出了当年的通缉图。
（桐生大概是史上隐姓埋名最失败的人了，之前一眼被和尚看穿，现在又被光悦……）
桐生得知“宫本武藏”的下一个目标就是町内的吉冈道场。

流程
首先来到鹤屋的后门，剧情过后回到龙屋，第二天早上再去鹤屋后门（和剧情分开写的攻略部分总是觉得有些怪……）。
之后一出来，就要接触到本游戏重要的学习系统--“天启”了，桐生可以靠观。察各种各样的事物来领悟剑法。
跟老头来到寺庙前，对话结束后来到旁边的猫那里，有按键提示，之后选第一项“那只猫装作粗心大意的样子来袭击背后的敌人”就能习得技能了。
从家里的密道离开，来到大门前，因为没有通行证无法通过。
来到东山商店街，强制发生战斗，敌人众多，有武器，进攻积极，有点难打，建议先把拿棍子的干掉。)
之后来到将棋屋，跟角落里的老人对话，把“仕事 委托书”给他，就会得到通行证，出门后再次发生战斗，有一个打手，注意他的拔刀术。
来到河原町，找人对话可以得知要找的人的位置（地图上方）。
对话过后按照地图标记前进，快要出城时有个铁匠送给桐生一把大剑，之后进入大剑使用指南，大剑的主要功效是抵挡远程武器。
进入到梅轩的老巢，一路杀进去，中间有锁链什么的可以用大剑打断，途中还可以得到一把大棒。
最后是和真岛的对决，注意因为真岛的锁镰范围很大，躲是很难躲的，老老实实的挡吧。
之后回去找光悦，结束此章。