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這個DNA段落分成三個記憶區塊，Ezio要分別與羅馬的傭兵、妓女與盜賊領導人接觸，並取得他們的協助。玩家可以自行決定要先與哪個陣營接觸，完成各陣營的記憶後，可僱用該陣營協助作戰（傭兵）或引誘敵人（妓女與盜賊），達成各陣營告示牌上要求的條件還可獲得獎勵。

到了故事的這個階段，玩家可以開始消滅Borgia塔樓並購置商店與房產，累積資金為Ezio添購各種新的裝備。此外，解除Borgia塔樓的勢力範圍也可減少任務進行時可能的阻礙。

Memory 1：Double Agent降低惡名值時不被發現，保持匿名狀態回到盜賊公會與La Volpe會合。

100％同步條件：

Ezio與盜賊公會的頭目La Volpe重逢，並尋求他的幫忙。然而La Volpe懷疑Machiavelli與Borgia一族勾結而不願協助Ezio，因為他既是教廷的大使、Cesare的私人賓客，同時還在Borgia一族襲擊Monteriggioni之前搶先離開莊園。Ezio為Machiavelli的清白辯護，此時La Volpe的部下帶來情報，指出Machiavelli正在Trastevere與人會面，於是La Volpe找Ezio一同探個究竟。

到了指定地點，Ezio看到某個Borgia守衛偷偷遞了封信給Machiavelli，就在Machiavelli離開不久，一群盜賊朝現場的守衛發動攻擊，其中一個盜賊Claudio受了傷，需要協助。

Ezio出手相助殺光守衛後，要帶著Claudio平安逃離現場：殺害守衛後Ezio的惡名值（體力量表左側的圖示）全滿，守衛一旦見到Ezio便會主動攻擊，因此玩家要利用附近的人群作掩護才能避開沿途的守衛。當玩家看見一群人集體移動時，可以走到他們中間，當Ezio以及身旁的人群變成灰色，腳下還有額外的白光提示時，表示Ezio正處於人群掩護狀態，不會被守衛看見。

利用沿途的人群一路隱匿移動到目標地點，就能帶著Claudio平安逃出。

接下來玩家要解除Ezio的惡名狀態，才不會處處惹上麻煩。解除惡名有三種辦法：摘下場景中的懸賞告示（一份告示可降低25％的惡名值，地圖上以海報圖示代表）、賄賂報信人（Herald，地圖上以嘴圖示代表），或是殺害官員（Official，地圖上以眼睛圖示代表）。將惡名值歸零、恢復隱密身分後回去找La Volpe，他雖然對Machiavelli仍有懷疑，但看在Ezio救了盜賊同僚的份上，最後還是同意協助Ezio與阿薩辛的目標。

La Volpe打算重建盜賊公會的據點，交談結束後，玩家操作Ezio與一旁的建築師（Architect）交談，就能把旁邊的一棟舊房子改建成客棧，連帶修復旁邊的地道入口。建立盜賊公會的據點後，Ezio請La Volpe利用間諜找出蘋果的所在；繞到客棧大廳後的賭桌，可以與La Volpe交談並解開額外的盜賊支線任務。另外，現在玩家可以僱用盜賊協助戰鬥與擾敵，並且在地圖上的無人據點花錢讓盜賊進駐，讓盜賊常駐於該地、便於僱用。