為了躲避聖殿武士的偵察，一行人躲進Monteriggioni莊園的別墅，打算在此建立臨時基地。Desmond與Lucy跟著Desmond的記憶視覺前進，找到了莊園外的密道，雙人協力解開密道裡的機關，並沿著密道一路走回了別墅地下的密室。在密室入口啟動Eagle Vision並打開書櫃讓Rebecca與Shaun進門，大夥在Ezio的秘密基地從新立足。

由於設備需要電力，於是Shaun帶著Desmond回到莊園，請他在配電箱上安裝電源迴路器。按住y鍵啟動Eagle Vision後，莊園裡的配電箱與周邊電路會以明亮的白色顯示在畫面上，只要裝好四個電源迴路器，就能讓臨時基地開始運作。

從此以後，玩家可以隨時登入Animus存取Ezio的記憶，回到15世紀末的羅馬繼續探險，也能隨時登出Animus回到現實世界，收發E-mail或與基地裡的組員交談。Desmond也能暫時離開臨時基地走進Monteriggioni莊園，收集場景中隱藏的寶物。

登入Animus時，Rebecca會向Desmond講解Animus的一些新功能，包括考驗玩家操控技術的V.R. training，玩家可以在此進行移動、戰鬥、尋物等各式各樣的挑戰，玩家持續進行V.R. training也可解開更多額外的挑戰。而Desmond除了可隨時登入登出Animus，也能切換DNA存取的Ezio記憶段落，並依各段落提示的同步條件反覆進行任務，提高Desmond與Ezio的同步率。

Desmond啟動了Animus介面的DNA記憶，進入Eizo記憶的第二區段...