《生化危机2》故事开始

里昂在警校毕业。在酒吧与朋友雅克·汤臣狂欢庆祝的他，并不知道浣熊市发生的一切，以及白宫的发言。而克里斯的妹妹克莱尔在大学团体组织的户外登山游中完毕，前往浣熊市寻找自己久未联系的哥哥。

在洋馆事件的两个月之后，浣熊市已经开始有所异样。 里昂·s·肯尼迪（leon s. kennedy）是r.p.d.的新任警官，他前往浣熊市报到。 城镇上丧尸密集，到达城镇不久，里昂在丧尸的攻击中救下了克莱尔·雷德菲尔德（claire redfield）。

克莱尔是s.t.a.r.s.成员克里斯·雷德菲尔德的妹妹，她是来找哥哥的。 克莱尔和里昂一同逃到他们所能想到的最安全的地方——r.p.d.警察局。 他们设法到达了警察局，却发现警队的武装力量早就被瓦解了。 两人决定分头寻找幸存者以及逃生路线。

在探索警察局时，里昂在停车场遇到了艾达·王（ada wong），两人结伴而行。 同时，克莱尔救了一个小女孩。 她告诉克莱尔她名叫雪莉，和父母失散了。 里昂发现有一条下水道连接着警察局和安布雷拉的研究所。

他还没有意识到，一个强大的怪物将会阻碍他的逃生之路。 在研究设所里，克莱尔偶遇安耐特（annette），一个安布雷拉的研究员，也是雪莉的母亲。 她向克莱尔详细说明了浣熊市爆发灾难的起因。 下水道里的那个名叫“g”的怪物实际上是她的丈夫，威廉，是在他给自己注入一种实验用病毒“g”之后变成的。 t-病毒的爆发激起了威廉与安布雷拉之间对g-病毒的争夺战。

里昂来到了研究所的另一处地方，遭到一个暴君的攻击。 在战斗中，他铤而走险，挽救艾达于危难之间。 他们继续一起行动，微妙的感觉在两人之间萌生。 最终，艾达向里昂讲出了实情，她其实是被派来偷取g-病毒的间谍。 另一方面，克莱尔与安耐特在一起时，g突然出现，砍伤了安耐特。 安耐特将g-病毒疫苗的制作说明交给克莱尔后死去。 雪莉感染上了病毒，克莱尔火速前往制作疫苗。

克莱尔成功制作疫苗，挽救了雪莉，后又在实验室发现紧急脱出火车，这时里昂也成功脱出，再分别战胜G和暴君后，克莱尔里昂雪莉成功逃出。

1998年9月30日经过美国国会全体投票决议通过，鉴于浣熊市事态已无法控制，决定投下原子弹，将整个城市全部消灭。贝利接上恢复意识的吉尔及卡洛斯，逃出浣熊市。10时正，原子弹击中浣熊市。浣熊市消失。死亡人数超过10万，而幸存者不足100人。

《生化危机 逃出生天》故事开始

1998年10月中旬，美国各大媒体开始采访逃出浣熊市的幸存者。而这些人也纷纷将自己的经历悉数道出。其中一名记者爱丽莎用DV将很多珍贵的镜头拍摄了下来，成为各大媒体的焦点。而美国由于私下与安布雷拉一直签订生化兵器的研究协议，所以掩盖了真相。在美国政府的宣传之下，安布雷拉企业作为浣熊事件最大的受害者，得到了全球各个国家的同情。