《生化危机 枪下游魂》故事开始

1998年10月9日靠近法国的法属席那岛上的犯人计划越狱。因为他们得知自己将会被安布雷拉作为活体实验。席那岛的犯人集体越狱。席那岛研究所所长宾塞德下令将犯人全部射杀。

里昂依靠中情局获得的情报，知道席那岛事件，因此委托自己的侦探好友雅克·汤臣进入席那岛调查。雅克潜在1998年11月1日入席那岛研究所。

斯宾塞宣布解除宾塞德的一切职务，丧心病狂的宾塞德将T病毒散布到整个小岛。，雅克准备离开席那岛，但被宾塞德击落直升飞机，而他丧失记忆。

雅克开始逃出席那岛。在途中救出了12岁的少年洛特和其妹妹莉莉。而宾塞德将自己研制的SuperTyanrt唤醒企图杀死雅克一行，却把自己害死。而在整个小岛爆炸前，雅克三人逃出席那岛。雅克将在席那岛取得的资料交给里昂，而里昂加入由浣熊市受害者及质疑安布雷拉的人组成的反安布雷拉组织，随后前往欧洲。而吉尔、克莱尔均前往欧洲。

《生化危机 代号维罗尼卡》故事开始

1998年12月，威斯克加入新东家HCF。艾达王成为其手下。克莱尔在安布雷拉巴黎总部被逮捕，并被押送至南美洲的洛克福特岛监禁。

向洛克福特岛进行轰炸，并投下病毒。洛克福特岛被感染。克莱尔在混乱中逃出监狱，并结识了囚犯史蒂夫。克莱尔在岛中遇见了精神已经几近失常的阿尔弗雷德。克莱尔和史蒂夫乘坐飞机准备离开洛克福特岛，却被阿尔弗雷德设定了飞机的自动驾驶，飞机飞向南极基地。

12月28日，克里斯得知妹妹被关押至洛克福特岛，于是前往。而威斯克也得知T-veronica病毒的存在，于是在岛上，两人事隔一年后再一次相遇。从威斯克的口中克里斯妹妹已被劫至南极，克里斯也赶去。

在南极基地，阿尔弗雷德被史蒂夫击中。生命的最后一刻，阿尔弗雷德唤醒了自己沉睡了数十年的妹妹阿莉希亚。而史蒂夫被阿莉希亚抓住，注射了与亚历山大一样的病毒，开始变异。面对克莱尔，失去理智的史蒂夫疯狂追杀，在最后一刻终于清醒，表达了对克莱尔的爱意后，史蒂夫死亡。

威斯克遇见阿莉希亚，而他要求阿莉希亚交出T-veronica病毒。阿莉希亚在狂笑中开始露出怪物真身，而威斯克在与其交手后感到无法控制阿莉希亚，遂逃走。随后，克里斯与阿莉希亚正面对决，而她开始展露T-veronica的威力。T-Veronica病毒使人具备了飞翔的能力，并能召唤昆虫，普通物理攻击对其均没有效果，但由于阿莉希亚的冷冻期不足，被阿尔弗雷德提前唤醒仍然具有较大缺陷，因此阿莉希亚最终仍然被克里斯用线性激光炮干掉。

阿莉希亚死亡后，威斯克救活了史蒂夫，并在阿莉希亚身上提取了T-veronica病毒。他在南极基地已经得到自己想要的东西，而剩下的就是和克里斯的恩怨。克里斯启动了南极基地自爆装置，而威斯克劫持了克莱尔。克里斯对威斯克说，“我们的恩怨，就在今天做一个了断吧！”

威斯克放走了克莱尔，克里斯示意克莱尔去启动飞机，而克里斯与威斯克，这两位从前的同事、战友，背负着各自的仇恨，在南极冰原上打得你死我活，却没有分出胜负。南极基地即将爆炸，而克里斯与克莱尔也搭乘飞机逃出，威斯克也载着史蒂夫利用潜艇逃出。