操作：
　　 左摇杆：移动
　　右摇杆：视角调整
　　R3：视角归位
　　方块：攻击
　　三角：重攻击
　　圆：调查
　　X：跳
　　L1/R1：魔法
　　L2：防御
　　移动中R2：回避
　　方块或者魔法键按下：蓄力
　　方向键上：选择道具
　　方向键下：选择武器
　　SELECT:地图
　　START：菜单
　　L2+方块：倒地攻击

　　序章 新宿

　　新宿，苍白的街道。仿佛没有生命的存在一般，主角NIER在这里抱着头，形同死尸，面对突然来袭的怪物，嘴里边吼着“别过来!!!”边挥动着手中的棍子，却也渐渐显得力不从心。而此时支持他的，只是他那唯一的妹妹吧。“我去找找看有什么吃的”，看着咳嗽不停的妹妹，NIER的心里是说不出的苦涩，“听好了，无论发生什么事，都不要碰那本书”。地上，一本黑色的书显得异常违和，而上面的图案也比较令人生畏。NIER走了出去，怪物再次出现了，而他此时早已精疲力尽，最后还是倒在了地上...“给我力量...”或许是出于本能的关系吧，是的，为了生存，无可奈何。NIER还是借用了黑之书的力量。
　　

　　之后，他如同打了鸡血一般...越战越勇，LV飙升到了30~~~再次回到了妹妹身边...尤娜依然咳嗽不止，“哥哥，这是我刚刚找到的”，“饼干，这不是尤娜最爱吃的么”，“恩，我想和哥哥一起吃”，“但是...那，我就吃小的那一块吧”，“不行”尤娜硬是想递给哥哥大的一块，却透支一般的倒下，而身上的黑色文字，也慢慢衍生到了头颈，脸上....

　　1412年后
　　画面一转，1412年后...
　　

　　NIER的鸡血被抽干，回到了LV1，而时代风格也大相径庭。唯独没变的，还是妹妹的病，依然 咳嗽不止。NIER说要去打猎，来到教堂，找到POPOL，当被问到尤娜的病情时，NIER低下了头 ，“别灰心，一定会有办法的，你是一个出色的哥哥”，“恩，希望如此”。之后，POPOL让 NIER去北平原采肉和药草。
　　

　　虽然这个世界有被称为的魔物的东西四处徘徊，但是我所在意的，仅仅是如何能和妹妹一起，生存下去。虽然我们两人，还是孩子，生活自然比较艰辛，但是，我想，我已经找到了我们的立足之地，是的，就是这个村子，这里的人都十分热情善良。因此，我也必须努力去做我力所能及的事情。这，也是为了尤娜...。
　　

　　轻松的任务——虐羊..扒皮..不知道为什么给人一种怪物猎人的感觉呢...回到村入口处，发现魔物已经在这里徘徊，NIER担心村里出什么事，立刻赶了回去，所幸，这里还是一如既往的宁静，完成了任务，NIER回到了家中。尤娜告诉哥哥，他今天看了一本名叫“月之泪”的书，书中说，如果能找到“月之泪”的话，就能够吃到好多好多的美味的食物。“尤娜..想要能治好我的病的药...”，“恩!尤娜的病一定会好起来的!”，“晚安!"。
　　第二天，NIER一如既往的来到了POPOL那，想帮村子做点力所能及的事情，POPOL表示修桥的职人那里由于魔物作祟，运输出现了问题。“我去打倒魔物!”，“但是，这太危险了啊”，“放心!我可是村里最强的!”。这些战斗力只有5的渣当然阻止不了伟大的妹控，魔物纷纷倒在了NIER的单手剑之下。回到家中，却发现尤娜不在，到底去了哪里呢?NIER立刻想到了图书馆，是的，尤娜就是这样一个爱看书的孩子，虽然有时候会看些奇怪的书...向POPOL询问尤娜的去向，得知她早上临走前说是要去石之神殿找“月之泪”。这傻孩子...NIER十分担心，立刻出发前往东门，寻找石之神殿。