石之神殿
　　

　　来到石之神殿，首先映入眼帘的是一颗枯萎的大树，但是，NIER显然不会在意这些，现在他的心里，只有妹妹，妹妹，妹妹...大树什么的死两次!来到顶上，终于找到了尤娜，但是她却被魔物们像祭品一样贡在台子上，NIER心急如焚，不停的用剑击倒阻挡去路的两把巨斧，不久后，一阵强光，一本书掉了下来...
　　

　　“好痛，可恶好痛!”书说话了。但是NIER顾不了那么多，书告诉NIER，要救尤娜的话，就必须打倒魔物，解除魔法阵。“这种事情真的能做到么?”，“你以为我是谁，我可是掌管森罗万象的白之书啊!”，“快想想办法吧，小白!”，“喂喂别把我的名字省略了啊”。不久，白之书就解放了力量，而NIER也能够使用魔法了。“血即是音，音即是力”小白说着不明所以的话语...而身后的两个巨大怪物，也向NIER袭来了...

　　BOSS战：守卫X2
　　

　　两个守卫。作为第一个BOSS战，自然是比较简单的，毕竟两个不会同时攻上来，看到一个有魔法壁包围的情况下，就去打另外个，注意用R2来躲避攻击，R2的判定很神，基本攻击都能闪掉，打掉一定HP后，会出现ATTACK GAGE，再上去打就可以了，建议用蓄力攻击...途中会不断学习到魔法...
　　“对不起，哥哥，又给你添麻烦了。”“不，该道歉的应该是我，对不起，让你害怕了，我们快回家吧，尤娜”。眼看神殿即将倒塌，千钧一发之际，NIER背着妹妹逃过了此劫。“我没有找到月之泪..哥哥...有了它..哥哥就能变成有钱人了...真是对不起...”看着一再道歉的妹妹，NIER心里百味交加，而此时，尤娜的手臂上却浮现出了黑色的文字。——————是的，黑文病。残酷的事实，却不得不接受。得了此病的人，全身会被黑色文字所侵蚀，最终死亡。“为什么，偏偏是尤娜!她到底做错了什么!”面对命运，NIER所能做的只有叹息和无助的抱怨..

　　村子
　　喷水池旁，DEBOL正在弹琴唱歌，看到NIER，不禁关心的问候了几句，而让她在意的，正是那本白之书，而令NIER吃惊的是，DEBOL居然知道白之书，“我刚唱的歌里面有出现哦，白之书”“这歌，有什么意义么?”“意义?额，我也不是很清楚。但是，当黑之书降临于世，散布病源之时，白之书就会出现并拯救世界。大概就是这样了吧...”NIER十分在意，决定去问知识渊博的POPOL。
　　

　　POPOL不愧是POPOL，“当黑之书降临之时，白之书会用封印之咒语，将黑之书消去，并镇平灾厄”。“封印之咒语..是什么?”，“关于这个也没有详细的记录，不过应该是类似于魔法的东西”。“对了，在神殿打倒怪物之时，我们所吸取的，一定就是封印的咒语!”，“没错，只要有小白在的话，尤娜的病就一定能治好了”，但是，问题是，现在没人知晓黑之书的下落。为此，NIER决定去杀魔物，来获得封印之咒语，从而对事情能有更好的把握。而POPOL也提供了他魔物的信息，那就是——崖之村。

　　崖之村
　　

　　到达后，NIER和白之书立刻被这里的奇特构造所吸引了。但是他们毕竟不是来参观的，当务之急还是找到村长。爬到最顶处，却被村长赶出，“看来是没法好好谈了，而且这里都是些杂鱼，根本没有封印之咒语”。“恩，还是先回POPOL那整理下线索吧”。
　　路经小屋，发现里面有一朵十分美丽的花，闪闪发光，“这..就是尤娜一直在找的...”，“别碰那花!”背后的声音惊动了NIER，“喂喂，她这穿的是什么..”难怪，NIER也是个生理正常的青年啊...“白痴，你怎么不看看别的地方吧”，只见眼前的女人握紧了拳头，上面浮现出了黑色的文字。“这个人..是魔物!”
　　BOSS战：KAINE
　　

　　小心她的突袭攻击，速度非常快，好在攻击力不怎么样，但是打到一半HP左右她会爆发，之后会使用远距离魔法，小心躲避。她有一招放雷球的招式，破绽比较大，可以抓住机会上去蓄力攻击。
　　正当两人厮杀之时，一个超展开的魔物，从山谷上方爬了下来。KAINE立刻转换了攻击目标，这令NIER十分费解..“别碍事，现在首要目的是打倒这个家伙!”“魔物...在攻击魔物...”。
　　BOSS战：魔物
　　

　　体型巨大，而我方有KAINE帮忙..虽然没啥大用..BOSS攻击方式主要是掌击冲击波，看准时机躲避，攻击的话击中在脚上就可以了。一定HP之后它会爬上去，并吐出许多杂鱼，杂鱼的攻击方式是魔法弹，数量多，好在血少，迅速灭掉，再反复之，最后注意好ATTACK GAGE，不难。
　　眼看BOSS的攻击就要击中NIER了，KAINE立刻上前把NIER踢开，“少碍事”，但是，在她注意力被分散之时，魔物的一记侧拳，硬生生的击中了KAINE。但是KAINE却挺了下来，并且发出冲击波将魔物打跑。“等等...别走”，KAINE看着魔物远去的身影，显然，刚才那一下，还是伤的不轻。“快看!文字消失了”白之书指着KAINE的手臂说道。“这个人，是人类吧?”，“恩，只不过是被魔物附身了”，“这样啊..我好像做了不该做的事，完全把她当成魔物看待了..总之，当务之急是救她!”。休息之后，KAINE向NIER自报了姓名，并赶他走。NIER，你能理解一个魔物附身的人的心情么?临走前，KAINE表示“那个家伙是我的猎物，你别出手”。
　　分支 1：去POPOL处收集情报
　　分支 2：去看妹妹的情况